Phim Hồng Y Hải Tặc xảy ra vào cuối thế kỷ 18, thuyền trưởng cướp biển vùng Caribe Vallo và thủy thủ đoàn của ông đã bắt giữ một tàu khu trục của hải quân Nhà vua. Con tàu chở Nam tước Gruda, một đặc phái viên của Nhà vua trên đường đến đảo Cobra để đàn áp cuộc nổi loạn do một người đàn ông tên là El Libre lãnh đạo . Nam tước Gruda và Vallo đã đi đến một thỏa thuận: Vallo sẽ thả Nam tước và thủy thủ đoàn của ông, nhưng giữ lại tàu khu trục. Đổi lại, họ sẽ bắt giữ El Libre và đưa ông ta đến cho Nam tước để nhận một phần thưởng lớn.
Vallo và thủy thủ đoàn của ông đi thuyền đến Cobra, nơi thuyền trưởng và trung úy của ông, Ojo, lên bờ và gặp quân nổi loạn trên đảo, do Pablo Murphy và con gái của El Libre là Consuelo chỉ huy. Vallo và Ojo biết rằng El Libre đã bị bắt và đang bị giam giữ trên đảo San Pero. Sau khi đi thuyền đến San Pero, Vallo đóng giả Nam tước và ra lệnh thả các tù nhân vào sự giam giữ của mình.
Consuelo đau khổ khi nghe tin Vallo định bán cô, El Libre và giáo sư cho Nam tước Gruda. Consuelo lúc này cầu xin Vallo đi cùng họ, nhưng anh ta từ chối. Thuyền phó của Vallo, Humble Bellows, nghe được cuộc trao đổi này và quay sang chống lại thuyền trưởng của mình vì đã phá vỡ lời hứa. Vallo để El Libre và Consuelo rời đi, nhưng lính canh của Nhà vua đang chờ, và El Libre bị giết và Consuelo bị bắt. Bọn cướp biển nổi loạn chống lại Vallo, và Humble Bellows được bầu làm thuyền trưởng mới của chúng.
