Phim Lậy Thầy, Thầy Đi Đâu là câu chuyện xảy ra trong đế quốc La Mã từ năm 64 tới năm 68 sau Công nguyên, dưới thời trị vì của hoàng đế Nero. Chủ đề là sự xung đột giữa Kitô giáo với sự thối nát của đế quốc La Mã, đặc biệt giai đoạn chót của dòng họ Julio-Claudian. Các nhân vật và các sự kiện mô tả là sự pha trộn giữa các nhân vật lịch sử và sự kiện có thật với các sự kiện hư cấu.
Phim nói về một viên chỉ huy quân đội của đế quốc Roma – Marcus Vinicius – trở về Roma sau chiến tranh, đã yêu một cô gái sùng đạo, Lygia. Vinicius trở nên quan tâm tới Lygia và tôn giáo của nàng. Dù lớn lên tại Roma như cô con gái nuôi của một viên tướng về hưu, nhưng đúng ra Lygia là một con tin của Rome. Marcus thuyết phục Nero giao Lygia cho anh ta như người giúp việc. Lygia phật ý về chuyện đó, nhưng vẫn yêu Marcus.
Trong khi đó, tính hung bạo của Nero ngày càng tăng mãnh liệt và các hành động của ông ta càng điên cuồng hơn. Khi Nero ra lệnh đốt thành Rome và đổ tội cho các người Kitô giáo, thì Marcus ra đi và cứu Lygia cùng gia đình của nàng. Nero bắt giữ họ và mọi Kitô hữu, rồi xử tử họ ở đấu trường La Mã. Marcus cũng bị bắt vì tìm cách cứu Lygia. Trong trại giam, Phêrô (cũng đã bị bắt), làm phép cưới cho đôi trẻ. Cuối cùng Phêrô bị đóng đinh vào thập giá, đầu lộn xuống dưới, chân ngược lên trên, hoàn toàn như nguyện vọng của chính ông (“Được chết như Chúa là quá sự xứng đáng của tôi’,” ông ta nói, và người lính gác trả lời giễu cợt “Chúng tôi có thể thay đổi điều đó“).
