Phim Nữ Hoàng Châu Phi là câu chuyện tại làng Kungdu vùng Đông Phi – một nơi hẻo lánh, biệt lập với thế giới bên ngoài – nơi mà hai anh em vị linh mục Samuel và Rose Sayer nhận sứ mệnh của Chúa giao phó, khai sáng văn minh cho người dân bản địa. Tháng 8 năm 1914, chiến tranh đã nổ ra ở Châu Âu và sau đó lan sang những vùng thuộc địa mà Kungdu không nằm ngoại lệ. Quân đội Đức đã đến chiếm đóng vùng Đông Bắc Phi, họ bắt bớ bắn giết và gom dân vào các trại tập trung.
