Hồ Sơ Tuyệt Mật phần 6 bắt đầu khi một quả bom khủng bố phá hủy một tòa nhà ở Dallas, Texas, các đặc vụ FBI Fox Mulder và Dana Scully bị lôi kéo vào một âm mưu nguy hiểm hơn bất cứ thứ gì họ từng gặp phải. Với sự hỗ trợ đáng ngờ của một bác sĩ hoang tưởng, Mulder và Scully mạo hiểm sự nghiệp và tính mạng của họ để săn lùng một loại virus chết người có thể có nguồn gốc từ ngoài Trái đất, và có thể hủy diệt mọi sự sống trên Trái đất.
